Auf Yoshis Insel landet Enzo, eine sprechende Enzyklopädie, deren Wissen über die Wesen in ihren Seiten verloren gegangen ist. Yoshi springt in die einzelnen Kapitel, erforscht unterschiedliche Lebensräume und hilft Enzo, die Lücken wieder zu füllen.
Dafür beobachtet er kuriose Kreaturen, probiert aus, wie sie auf seine Aktionen und ihre Umgebung reagieren, und nutzt ihre besonderen Eigenschaften, um Wege zu öffnen und Rätsel zu lösen. Mit Fähigkeiten wie Flatterflug, Zunge, Stampfattacke und Eierwurf entdeckt er neue Zusammenhänge. Gefundene Glyphen lassen sich gegen Hinweise eintauschen, während versteckte Grinseblumen und weitere Entdeckungen dazu einladen, bereits besuchte Gebiete erneut zu untersuchen. Gesammelte Sterne schalten nach und nach neue Kapitel frei.
Währenddessen verfolgen Bowser Jr. und Kamek ihre eigenen Pläne innerhalb des Buches. Einen Mehrspielermodus gibt es nicht.
